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A diferencia de Romagnoli (que fue diez años antes de aquel período), esta etapa lideró el índice de audiencia de programas de revista matutinos superando a Venga la alegría de TV Azteca y Sale el sol de Imagen TV, respectivamente. Hoy estuvo bajo la producción de Roberto Romagnoli (quien también hacía el programa Muévete en ese entonces), pero además, tuvo una menor duración debido a la transmisión de los Juegos Olímpicos de Beijing, además se integrarían a la conducción junto con Andrea y Ernesto, el actor Raúl Araiza (quien ya estuvo de invitado en la etapa de Carmen Armendáriz a finales de 2007) y la conductora, camiseta fútbol ganadora de Big Brother Vip 1 y también actriz Galilea Montijo (aunque anteriormente ya estuvo de invitada durante las primeras etapas de Reynaldo López y Carmen Armendáriz respectivamente). Aunque regresó ya con Reynaldo López como productor. Para junio la conductora Laura Flores dejó de participar en el programa para participar en Cadenas de amargura y dos meses después Raúl Araiza dejaba temporalmente el programa para irse a Un gancho al corazón y a finales de febrero de 2009 se confirmó la salida de Reynaldo Rossano (Aunque volvió para la siguiente etapa con Carmen Armendáriz) y Andrea Legarreta también presentó varias veces su renuncia, ya que ella tenía muchos problemas con el productor.
La conductora se quejaba de su frialdad y lo peor fue que índice de audiencia del programa fue para abajo, la conductora dejaría más tarde el programa a finales del 2000 (Enfocándose más a la Radio en su programa Fernanda Familiar en Imagen Radio). Hasta el momento esta sería la última etapa que no se contaría con la presencia de Raúl Araiza y Galilea Montijo como conductores titulares (Aunque Araiza estuvo de invitado por primera vez a finales de 2007 en sustitución de Jorge Poza y mientras que Galilea solamente estaba de invitada en ese entonces). Ya que Andrea Legarreta estaba embarazada, Galilea Montijo solamente aparecía esporádicamente como conductora invitada ese entonces, Andrea Escalona y Capi Albores colaboraban en TV Azteca, Martha Figueroa estaba en el programa de Netas Divinas, Raúl Araiza, Marisol González, Jorge Van Rankin y Arath de la Torre aún no formaban entonces parte del programa, mientras que Paul Stanley y Lambda García ni siquiera había debutado aún en Televisión.
Durante la emisión del 19 de abril de 2018, Atala Sarmiento fue como invitada al programa, en el cual desafortunadamente no estuvieron las conductoras Galilea Montijo y Andrea Legarreta. 1:00 p. m., desde el 2 de abril hasta el día 6 se redujo a dos horas y media, y a partir del 8 de abril de ese mismo año se redujo a tres horas de 9:00 a. Exceptuando dos veces que fue del 30 de marzo de 2008 hasta el 21 de enero de 2011 (aunque Hoy sábado utilizó ese horario durante mayo a octubre de 2010) y nuevamente del 29 de febrero al 1 de abril de 2016 en donde duraron solamente dos horas y media y cuatro horas respectivamente. Esta etapa inició el lunes 7 de enero de 2013 y concluyó el viernes 1 de enero de 2016 (siendo la única etapa que acaba en año nuevo). Desde el lunes 4 de enero hasta el viernes 26 de febrero se conservó el mismo horario de tres horas de la etapa anterior. Dato curioso: El viernes 27 de julio de 2012. Por segunda vez, el programa no fue transmitido en vivo, esto debido a que la empresa decidió suspender labores en sus instalaciones de San Ángel para evitar altercados mayores.
Aunque las últimas semanas el programa fue grabado, debido que todos los conductores ya estaban en vacaciones (siendo su último programa totalmente en vivo el viernes 17 de diciembre). Para esta etapa se implementa la secciones de yoga con Alejandro Maldonado, las clases de baile con Freddy Okon los días viernes, La quinceañera de Hoy y por el otro lado en 2006 se removía los cortes noticiosos (aunque este regresaría definitivamente ya en la etapa de Magda). Las salidas continuaron con Carlos Espejel quien dejó la emisión sabatina por problemas con Carmen Armendáriz en julio y luego en agosto Mizada también se salió del programa y aunque regresaría ya con Carla Estrada. Esta fue la primera vez en la que Carmen Armendáriz se involucró en la producción de Hoy. Después de un año, Carmen Armendáriz vuelve a estar al frente de la producción de Hoy. Los conductores se modificaron casi en su totalidad, quedando Vielka Valenzuela, Andrea Legarreta y Ernesto Laguardia como la pareja principal al frente del programa. Esta etapa han marcado varias salidas de varios conductores como Jorge Poza que fue la primera salida definitiva para grabar Alma de hierro (su reemplazo sería el regreso de Ernesto Laguardia al programa) y semanas después Angélica María también dejaba la emisión el 1 de febrero (siendo la segunda salida en menos de tres semanas).